Durante el gobierno de Yondaime (el cuarto Hokage) sufrió el ataque de Kyūbi, un zorro monstruoso de nueve colas, pero este líder pudo sellarle en el cuerpo de Naruto a costa de su propia vida. Tras este suceso, el tercer Hokage, Sarutobi, retomó su lugar al mando de Konoha.
Unos doce años después, el malvado y ambicioso discípulo de Sarutobi, Orochimaru, el cual estaba exiliado de la aldea, y es uno de los sannin, atacó la aldea junto a sus aliados de la Aldea Oculta de la Arena, a los cuales había engañado para ello. El ataque falla, pero para poder frustrarlo, Sarutobi sacrifica su vida.
Se decide que Tsunade, otra de los sannin sea el quinto Hokage (Godaime), y asciende poco después a ese puesto.
hokages
Konoha ha tenido cinco Hokages (火影, Hokage?, sombra de fuego) que desde que el primer Hokage fundara la aldea 60 años antes del inicio de la serie han dirigido la aldea. El quinto Hokage sigue en el puesto. Suelen ser el ninja más fuerte de Konoha.
primer hokage (shodaime)
Fue uno de los fundadores de Konoha. Era el hermano mayor del segundo Hokage, y el abuelo de Tsunade. Su alma fue sellada por el tercer Hokage cuando Orochimaru le resucitó para obligarle a luchar a su lado. Su figura está en una de las estatuas del Valle del Fin, junto a la de Madara Uchiha, como fundadores de la aldea.
Orochimaru usó su ADN para algunos experimentos genéticos, implantándolo en 60 sujetos de prueba, de los cuales, sólo Yamato sobrevivió. Con ello, Orochimaru quería duplicar algunas de las técnicas de línea sucesoria Mokuton que le caracterizaban, y su habilidad para controlar a los Bijū.
segundo hokage(nidaime)
El segundo Hokage era el hermano menor del primero. Era un especialista en técnicas de agua, hasta el punto de que no necesitaba una fuente del líquido para llevarlas a cabo. Fue el sensei del tercer Hokage, Homura Mitokado, y Koharu Utatane, y fue el que le designó como su sucesor. Su alma fue sellada por el tercer Hokage cuando Orochimaru le resucitó para obligarle a luchar a su lado.
tercer hokage (sarutobi)
Fue nombrado el mejor Hokage existente. Le llamaban "El Maestro" debido a su increíble poder intelectual y a su amplio conocimiento de las técnicas ninja, llegándose a decir de él que conocía todas las técnicas de la aldea. Por su edad abdicó de su cargo, para que el Cuarto, y más joven le sustituyera.
Yondaime murío durante la batalla contra el Kyūbi. Por esta razón, Sarutobi se vio en la obligación de retomar su puesto de Hokage siendo más viejo, ya que no se encontraba un sustituto mejor.
Sarutobi a pesar de su edad es un ninja excelente y es dominador de un amplio abanico de técnicas ninja, es capaz de combinar técnicas de varios elementos y lanzar jutsu demoledores. Fue el maestro de los sannin.
Orochimaru pelea entre Sarutobi y este muere en la lucha.
cuarto hokage (yondaime)
Su nombre es Minato Namikaze. Minato fue considerado como el más grande ninja de todos los tiempos. Era conocido como El rayo amarillo de Konoha, dada su capacidad de desplazarse y luchar a gran velocidad. Esto se debía a una técnica que usaba, Hiraishin no jutsu, evolución del Shunshin no jutsu, y al color de su cabello.
quinta hokage (tsunade)
Es una sannin legendaria, especialista médica, de sus habilidades solo se destaca su enorme fueza sobre humana, su habilidad médica y su capacidad de poder invocar babosas gigantes, Tsunade se convierte en la Quinta hokage (la primera mujer) en los capítulos 99-100 del anime.
Tsunade tiene 53 años, sin embargo usa el Henge no jutsu que le permite cambiar su apariencia, como si aun tuvieria sus 20 años. Sin contar con que sus vicios, apuesta y le gusta ir a pubs. En las apuestas casi siempre pierde, por lo que se ganó el título de la Legendaria perdedora.
Pertenece a los legendarios Sannin junto a Jiraiya y Orochimaru, los 3 fueron alumnos de Sarutobi, el Tercer Hokage. A pesar de ser la nieta del Primer Hokage, Tsunade tuvo un pasado trágico, su hermano menor Nawaki, y su novio Dan, murieron durante las guerras que sostenía la villa. Debido a esto, Tsunade se entreno como ninja médico pero finalmente decidió dejar la villa con Shizune, la sobrina de Dan, a quien acogió como alumna.
lugares militares
Academia ninja: es el lugar por donde tienen que pasar los estudiantes para convertirse en genin, pasando un examen final. Iruka Umino es instructor de la academia. Antes, era acompañado por Mizuzi.
Arena de combate de las preliminares del examen de chūnin. Posee una estatua de unas manos haciendo el sello del carnero. Está en la torre del bosque de la muerte.
Arena de combate de la tercera fase del examen de chūnin: tiene forma circular, con gradas alrededor de toda la arena
Base ANBU: lugar en el que se reunen los ANBU para planear sus misiones y donde se encuentran las viviendas de estos.
Bosque de la Muerte: es el lugar donde se realiza la segunda etapa del examén chūnin. En el centro se ubica el lugar de la tercera etapa del examen chūnin.
lugares civiles
Aguas Termales: son un lugar de relajación para todos. Esta separado en para ambos sexos. A la entrada estuvo Naruto entrenando con Ebisu la forma de caminar sobre el agua.
Floristeria Yamanaka.
Hospital: durante el examen de chūnin Sasuke Uchiha y Rock Lee estuvieron allí. Naruto pasó allí un tiempo tras el combate con Sasuke, al intentar evitar su marcha.
Puesto de ramen de Ichiraku: lugar frecuentado por Naruto y su maestro Iruka.
ex-lugares
Edificio policía de Konoha: un lugar que no existe hoy en día. Representaba la comisaria de la policía de Konoha. Situado en el barrio Uchiha, el asiento de la seguridad del pueblo, estaba bajo el mando de los miembros del Clan Uchiha hasta que la tragedia pone término al edificio.
Templo Nakano, al estrecho del barrio Uchiha, cerró sus puertas desde la desaparición de sus residentes. Este templo era el principal lugar de recogimiento y de meditación de los Uchiha, pero cerraba también numerosos secretos.